Em completude ao desenvolvimento da criação comercial de emas, Rhea americana, aspectos voltados à sanidade destas aves assumem caráter de importância significativa para o sucesso desta atividade comercial. Nesse contexto, a vigilância e o controle de alguns patógenos, tais como os parasitas inclusive os protozoários, são essenciais para o êxito da criação dessas aves, refletindo diretamente na lucratividade do produtor. O objetivo do presente estudo foi identificar protozoários gastrintestinais em emas. Para tanto, foram utilizadas sete emas adultas, quatro fêmeas e três machos mantidas em um criatório científico na UENF com as coletas de fezes realizadas em intervalos bimestrais durante oito meses e os parasitas concentrados pela técnica de centrifugo-flutuação em solução saturada de sacarose (1,1g/mL) e posterior extração do DNA utilizando-se o kit DNeasy Tissue Kit (Qiagen®). Para Cryptosporidium spp. e Giardia spp. foi utilizada a técnica de nested PCR, com amplificação em duas etapas de um fragmento do gene 18S rRNA e para Entamoeba spp. foi feita apenas uma amplificação do mesmo fragmento que foram analisados em eletroforese em gel de agarose a 1% marcados com gel red. A visualização das bandas foi realizada sob transiluminação ultravioleta em fotodocumentadora e os tamanhos dos fragmentos comparados com marcador molecular, controles sabidamente positivo e negativo. Seis amostras de fezes (85,7%) foram diagnosticadas como positivas para Entamoeba spp. e não foram diagnosticadas amostras positivas para Cryptosporidium e Giardia. Concluiu-se que as emas do criatório científico da UENF estavam infectadas de forma enzooótica por espécies de Entamoeba, além de se fazer necessário o diagnóstico deste protozoário, presente nas fezes de emas através do sequenciamento do fragmento de DNA amplificado, para se estabelecer a real relação deste protozoário e o seu potencial hospedeiro.
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